流体理工学の研究に携わるお客様より、分子動力学計算のためのワークステーションをご相談いただきました。具体的には，128~256コア程度のワークステーションをご希望です。主に使用するソフトウェアはLAMMPSとCP2Kで、予算200万~300万円程度でのおすすめ構成をご相談いただきました。また、現在の研究ではLAMMPSでもCP2KでもGPUを使用されていません。
これらの条件を踏まえ、弊社からは以下の構成をご提案しました。
| CPU | AMD EPYC 9754 2.25GHz 128C/256T |
| メモリ | 合計 768GB DDR5 4800 REG ECC 64GB × 12 |
| ストレージ | 2TB SSD M.2 NVMe Gen4 |
| ビデオ | NVIDIA Geforce RTX4090 24GB |
| ネットワーク | on board (10GBase-T x2) |
| 筐体+電源 | ミドルタワー型筐体 + 1600W |
| OS | Ubuntu 24.04 |
CPUについて
AMD EPYCによる、128コア 256スレッド構成です。
128コア以上の場合にはラックマウント筐体を用いた構成が前提で、専用仕様のためコストが大きく上がります。しかし、コストの上昇に対して増えるコア数はそれほど多くないため、コストパフォーマンスを優先して検討しています。
スペックについて
予算に余裕がありますので、メモリモジュールは12枚構成を推奨します。メモリチャネルが12chですので、計算速度の向上が期待できます。ただし、LAMMPSのメモリ使用量によってはオーバースペックになる可能性がありますので、実際の処理で必要なメモリ容量をご確認ください。
SSD容量は2TBとしています。LAMMPSやCP2Kで扱うデータ量からの選定ですが、ストレージ容量に指定がある場合にはご相談ください。
GPUについて
GPUを使用しないとのことですが、LAMMPSやCP2KはGPU計算に対応していますので、RTX4090を1枚搭載した構成としました。 (ただし、単精度計算です)
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■LAMMPS GPU対応について | 7.4.1. GPU package – LAMMPS documentation ■CP2K GPU対応について | gpu [CP2K Open Source Molecular Dynamics ] |
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