GIS x ビッグデータ処理用マシン | 研究開発者向け情報発信メディア TEGAKARI

公衆衛生の研究に携わるお客様より、GISとビッグデータの処理を行うためのマシンをご相談いただきました。
MCMC処理、Pythonによる自然言語処理 (PyTorch) 、地理情報システムによるネットワーク分析などが可能なワークステーションをご希望です。
スペック面では、高精度なGPUとビッグデータ処理にも対応できるCPUが必要だとお考えで、具体的に以下の内容を想定されています。

・メモリ：出荷時点では128GB程度。最大1TBまで増設可能な構成。
・GPU：NVIDIA RTX A6000を2台搭載し、NVLINKを実装
・使用するソフトウェア：R、Rstudio、Python、ArcGIS、QGIS
・その他：オフィス内の利用に耐えられる静音性

ご相談の内容を踏まえ、弊社からは下記の構成をご提案しました。

CPU	Xeon W7-3455 (2.50GHz 24コア)
メモリ	128GB
ストレージ1	4TB SSD M.2
ストレージ2	16TB HDD S-ATA
ビデオ	NVIDIA RTX A6000 x2
ネットワーク	on board (1GbE x1 /10GbE x1)
筐体+電源	タワー型筐体 + 1600W
OS	Ubuntu 22.04
その他	NVLINK Bridge

Xeon W-3400シリーズの24コアモデルを搭載した構成です。
NVIDIA RTX A6000を2台搭載し、NVLink Bridgeも含めています。

メモリは、初期の128GBから将来的に1TBへ拡張する想定ですが、128GB搭載時のメモリはすべて取り外す必要があります。そのため、初期出荷時点のメモリモジュール構成はメモリ拡張を考慮せず、すべてのメモリチャネルを使い切ることを優先しています。

ストレージは暫定的な容量としています。
ビッグデータ処理での利用において、マシン本体側に必要なストレージ容量の目安をご連絡いただければ、それに合わせて変更いたします。
また、ArcGISはキャッシュ領域にストレージを利用しますので、OSやソフトウェアがインストールされるSSDはより高速なNVMe対応製品としています。

設置場所がオフィス内であることに留意し、静音性の高い筐体を採用していますが、GPGPUでビデオカードをフル稼働させた場合には、ある程度の大きさの駆動音が発生いたします。さらなる冷却性・静音性を希望される場合、オプションで静音ラックのご用意もございますので、ご相談ください。

稼働音対策をご希望のお客様には、エスアイ社製の静音ラックと合わせたご提案を承っております。
静音性を重視したマシン導入をお考えの際には、気兼ねなくご相談ください。

エスアイ社製静音ラックの特長
[1]ユーザーの環境とマシンに合わせた専用設計のラックを提供
[2]静音性と安全放熱を高い次元で両立
[3]音響の専門技術を軸としたメーカーなので、静音性の技術力が高い
[4]マシン適合の技術サービスが付帯し、安全運用を約束

なお、本事例の構成は、金額にはとらわれず性能を優先した構成です。
メモリチャネル数が8と高性能ですので、コストダウンで最初に見直すポイントはCPUやメモリ周りになると考えられます。ご予算に応じたプラン提案につきましても、お気軽にご相談ください。

■キーワード

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考：The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

・Rstudioとは
RstudioはRを使用するための統合開発環境。直感的で使いやすいユーザーインターフェースを提供し、プロジェクト管理機能、コードエディター、コードの自動補完、構文のハイライト、デバッガー、プロファイラー、マークダウン文書のサポート、パッケージの管理機能、グラフィックのインタラクティブな表示機能などの多彩な機能を備えている。

参考：RSTUDIO IDE (Posit) ※外部サイトに飛びます

・Pythonとは
Pythonは、Python Software Foundation (PSF) が著作権を保持する、オブジェクト指向プログラミング言語。プログラミングの構文がシンプルなため可読性が高く、目的に応じたライブラリやフレームワークといったコンポーネントが豊富に揃っていることも特徴。プログラミングの初学者から上級者に至るまで人気の言語。

参考：Python ※外部サイトに飛びます

参考：【特集記事】プログラミング言語 Python その人気の理由は？- Python プログラミングを加速するツールたち ※弊社オウンドメディア「TEGAKARI」に飛びます

・ArcGISとは
ArcGISは地理情報システム(GIS)の代表的なソフトウェアプラットフォームである。地理データの収集・管理・解析・可視化を行うことができ、世界の多くの組織でGISとして利用されている。デスクトップ製品としてArcGIS ProやArcMap、サーバー製品としてArcGIS Enterprise、開発者向けにAppStudioやArcGIS API for Python、モバイルではArcGIS QuickCaptureやExplorerなどがある。世界中の行政機関や企業でGISとして広く利用されている。

参考：ArcGIS とは? (ESRI) ※外部サイトに飛びます

・QGISとは
QGISは、QGIS Development Teamにより開発されたオープンソースのGISソフトウェア。ArcGISに似たインターフェイスで空間データの可視化・編集・解析に対応している。機能面はArcGISと比較して限定的だが、無料で利用できる点とコミュニティサポートから個人・教育目的での利用に適しており、世界的に利用されている。

参考：QGIS (ESRI) ※外部サイトに飛びます

・NVLINKとは
NVLinkはNVIDIAが開発したGPU間の高速インターコネクト技術。NVLinkを採用したGPUはPCI Expressよりも高速な通信帯域幅と速度を実現し、GPU間のデータ送受信の効率が大幅に向上する。NVLinkはAIや高性能計算分野において、大規模な並列処理の効率を高める技術として採用されることがある。