レセプトデータ解析用マシン

レセプトデータベースを活用した研究を行っている。
現在、M1チップを搭載したメモリ16GBのMacbook Airを使っているが、解析に時間がかかるため予算40万円程度で専用PCを導入したい。

使用するソフトはVigiBase、NaviCat for SQLite、R、JADER、Microsoft Access、EZRを予定。
長期的にはRNA-seqのカウントデータを用いた二次解析を行いたいと考えており、可能なら強度が軽めのドッキングシミュレーションにも対応できるようにアップグレードが可能な構成とすることが理想。

なお、ストレージは外付けSSDを利用する予定。OSはコスト優先でWindows 11 Homeで良い。

CPU Core i7-13700K (3.40GHz 8コア + 2.50GHz 8コア)
メモリ 64GB
ストレージ 1TB SSD M.2
ビデオ on board (DPx1 HDMIx1)
ネットワーク on board (2.5GBase-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー筐体 + 850W
OS Microsoft Windows 11 Home 64bit

ご要望に合わせて構成を検討しました。

データ保存用のストレージは外付けSSDの利用を想定していますが、本体側のストレージにはメモリのオーバーフローやRなどの中間ファイルを一時的に書き込む可能性があります。そのため、システム用SSDとして速度の速いタイプの製品を選定しています。このような前提から、PC本体のストレージにデータを置くことは想定しておらず、空き容量が減ると速度が下がってしまうのでご注意ください。

マシン全体としては、ご予算内で計算用のCPUを優先しています。
ご利用予定のソフトウェアにGPUアクセラレートを利用するものはありませんので、GPUは搭載せず画面出力はオンボード機能の利用としています。予算40万円の範囲でGPUを搭載しようとすると、全体的に中途半端なスペックとなります。また、GPUは後日の追加が可能な拡張カードですので、必要になったタイミングでご検討いただく想定です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

■キーワード

・VigiBaseとは
VigiBaseは世界保健機関の国際薬物監視プログラムであり、医薬品の副作用情報を収集・分析するためのデータベース。医薬品の安全性に関する情報の調査や副作用のパターン傾向を分析することができる。

参考:VigiBase in Japanese ※外部サイトに飛びます

 

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

 

・Navicat for SQLiteとは
Navicat for SQLiteは、SQLいてデータベースの開発、管理、操作を支援するためのソフトウェア。SQLいては軽量な関係データベース管理システム (RDBMS) であり、様々なアプリケーションやプロジェクトで使用されている。Navicat for SQLいては、このデータベースを直感的なインターフェースで簡単に操作できるようにするために設計されている。

参考:Navicat for SQLite (PremiumSoft) ※外部サイトに飛びます

 

・JADERとは
JADER (Japanese Adverse Drug Event Report database) は、日本での医薬品の副作用報告データベース。医薬品医療機器総合機構 (PMDA) が管理しており、医薬品の安全性監視と副作用情報の収集・分析を目的としている。

参考:医薬品副作用データベース利用規約 (独立行政法人医薬品医療機器総合機構) ※外部サイトに飛びます