NGS解析用マシン

農作物の生産性に関する研究に携わるお客様より、NGS解析用マシンの導入をご相談いただきました。
バイオインフォマティクスが専門ではないため、高度な処理・作業は予定されていません。
主にはWinRHIZOで画像解析したデータや遺伝子発現データをExcelやRなどで解析したり、シーケンスデータから定量データに計算させる用途で、3Dモデルを動かす処理の予定はないと伺っています。

また、お客様の想定スペックは以下の通りです。

・CPU:32スレッド程度
・メモリ:64GB
・ストレージ:SSD 1TB S-ATA
・OS:Windows
・予算:30万~50万円

これらのスペックは、知人の方からのアドバイスによるもので、ご自身はPCに詳しくないとのことです。
そのため、使い勝手の良いものを希望されており、一般的な大手メーカー製PCと比べてセットアップの手間が多いなどの問題がないかを心配されています。また、納品時にどのようなソフトが付属するのかについてもご質問いただきました。

ご要望を踏まえて、弊社からは以下の構成をご提案しています。

【主な仕様】

CPU AMD Ryzen9 7950X (4.50GHz 16コア)
メモリ 64GB
ストレージ 1TB SSD S-ATA
ビデオ on board (DisplayPort x1 HDMI x1)
ネットワーク on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源 ミドルタワー型筐体 + 850W
OS Microsoft Windows 11 Pro 64bit

CPUは、AMD Ryzen9 Threadripper 7950Xを選択し、「CPU:32スレッド程度」の条件を満たしています。
また、3Dモデルの表示や操作は行わないと伺いましたので、ビデオ出力はコストを優先してオンボードとしています。

一般的な大手メーカー製マシンと比較した場合、納入後に行っていただくセットアップ内容には、それほど大きな違いはありません。しかし、弊社製PCにはセキュリティソフトの試用版などはバンドルされませんので、必要な場合にはご相談ください。

また、OS以外のソフトウェアに関しては、Windowsが標準で提供するもの以外は付属・インストールしておりません。そのため、利用予定のない多数のソフトウェアにマシンのリソースを占有されたり、煩わしいポップアップが表示されることなく、快適にお使いいただくことができます。
なお、現在のWindowsでは、DVDへの書き込みや読み込みが標準サポートされています。DVDビデオの作成や再生を行う場合には別途ソフトウェアが必要ですが、そのような用途での利用がない場合には追加のソフトウェアは不要です。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

■FAQ

・NGS解析とは
NGS (Next Generation Sequencer:次世代シーケンサー) は、核酸 (DNAとRNA)の塩基配列情報を決定するための基盤技術。数百万のDNA分子を同時に配列決定することが可能。
NGSは高速でシークエンシングを行うことができるため、臨床サンプルの劣化の早いRNAウイルスの塩基配列同定などで用いられる。

 

・Rとは
Rとはオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けプログラミング言語/開発実行環境。統計処理のための計算やグラフ化で利用される。
多くのライブラリが存在するため、ライブラリを呼び出すだけで複雑な手法を扱うことができる。

参考:The R Project for Statistical Computing ※外部サイトに飛びます

 

・WinRHIZOとは
WinRHIZOはRegent Instruments社による画像解析ソフトウェア。植物の根長や形態、構造、色を測定・解析を行う。

参考:WinRHIZO (Regent Instruments) ※外部サイトに飛びます