お客様より、分子動力学シミュレーションソフト「GROMACS」と量子化学計算ソフト 「Gaussian」を扱う計算サーバーをご相談いただきました。
GROMACSとGaussianが高速に動くマシンをご希望で、具体的なスペックは以下に近いものを理想とされています。
CPU:Xeon Gold 6354 (18core 3.0GHz 205W) x2
メモリ:256GB
SSD:960GB SATA x2 システム用とバックアップ用に1台ずつ
GPU:NVIDIA RTX A6000x2
OS:AlmaLinux 8.3
これらの情報を踏まえ、弊社からは以下の構成をご提案しました。
CPU | Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2 |
メモリ | 256GB REG ECC |
ストレージ1 | 1TB SSD S-ATA |
ストレージ2 | 1TB SSD S-ATA |
ビデオ | NVIDIA RTX A6000 |
ネットワーク | on board (1000Base-T x2) |
筐体+電源 | タワー筐体 + 1200W |
OS | AlmaLinux 8.3 |
その他 | CUDA Toolkit 11 インストール |
お客様との打ち合わせの結果、ご予算を優先する方針で構成を検討しています。
主な用途がGROMACSでしたので、ご予算の範囲内でGROMACSに適した構成であることを重視しました。
また、処理速度を重視し、並列性能の高いCPUやメモリ容量、GPUとして以下を選定しています。
・Xeon Gold 6326 (2.90GHz 16コア) x2
・256GB REG ECC
・NVIDIA RTX A6000
そのため、GROMACSには対応していますが、Gaussian16の併用を前提とした場合、GPUに注意が必要です。
本構成における注意事項
「Gaussian16」の公式でサポートされているのはNVIDIA V100、A100といった倍精度演算に対応したGPGPU専用カード製品のみ&です。また、GPUをGaussianのサポート対象であるNVIDIA A100に変更する場合、GPUの物理的な仕様との兼ね合いからPC本体の構成を変更する必要があります。
なお、Gaussian 16をCPU実行のみで利用する場合、GPUの選択は動作に影響しません。
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