DNAとRNAにおける科学分野で世界トップレベルの専門知識を有し、マルチプレックスPCRプライマーのデザインソフトを開発するDNA Software 社 のWEBサイトにて、同社のソフトウェア PanelPlex-Consensus についての新型コロナウィルス(COVID-19) への対応に関するページが公開されました。
以下、メーカーからの情報をご紹介いたします。
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PanelPlex-Consensus は、ウイルスと細菌の両方の病原体に対して高い感度と特異性を持つコンセンサスPCRアッセイを設計するためのソフトウェアです。
新型コロナウィルス(COVID-19) 疾患の蔓延に伴い、科学者たちは迅速な検査技術でウイルスを即座に診断する方法を模索しています。 機能するアッセイを構築することは、診断プロセスの高速化とウイルスの蔓延の制御に不可欠です。
PanelPlex-Consensus が すべてのバリアントを含むSARS-CoV-2 (新型コロナウイルス)を検出するための高感度で特異的なPCRアッセイの構築に役立つ理由
・PanelPlex-Consensus has been rigorously validated for the detection of thousands of bacteria, viruses and human targets.
・PanelPlex-Consensus provides consensus designs PCR assays to detect all sequence variants of a given virus. Often, this is accomplished with a single primer pair (i.e. singleplex reaction) while in other cases with high sequence diversity a small multiplex reaction is required (typically 1 to 5 plex is required). For example, we have made singleplex assays for pandemic 2009 H1N1 FluA, and 7-plex assay for the highly divergent Lassa virus.
・PanelPlex-Consensus is fully capable of designing a new assay to address the (COVID-19) Coronavirus. PanelPlex-Consensus allows the user to input panels of GenBank accessions to form inclusivity, exclusivity (i.e. phylogenetically near neighbor sequences), and background databases.
・PanelPlex-Consensus uses our proprietary ThermoBLAST and TargAn (target analysis), algorithms so that the assays are designed with maximum coverage of sequence variants with minimum false positives and false
・PanelPlex-Consensus saves over six months on average of iterative experimental trial-and-error optimization.
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